在核科學研究方面，無論是理論研究還是工程運用研究，美國學者也不得不承認，京都大學已走在國際的前沿。從組織上，京都大學有工學部的原子核工程系，有理學部的關于原子核和基本粒子的眾多學科，有原子能研究所、核反應堆研究所、螺旋質普儀核聚變研究中心，基礎物理研究所等眾多機構都參與的研究中心，有著一流的研究人員和一流的研究設施。核反應堆研究所的熱功率達5000千瓦的核反應堆及其他各種實驗裝置，可供每年5000名研究人員來所進行工作。在螺旋質普儀核聚變研究中心，日本政府耗資80億日元建立了世界最大的核聚變反應爐，溫度可達千萬度。連同重質炭同位素資源的轉換工程研究，為日本開發新能源和節能研究邁出了重要的一步。

　　在醫學教育與研究方面，除學科齊全的醫學部和藥學部外，還有設備先進、功能多樣的附屬醫院。后者占地150,187平方米，有病床1,081張，僅 1989年一年中，接診的校內外病員分別為33萬和44萬人次。此外，具有特色的胸腔疾病研究所和附屬醫院，也有160張病術，每年接待近10萬名病員。連同人體先天特異標本解剖中心、綜合解剖中心、藥用植物園、實驗動物研究等設施，使京大在腦神經、免疫、胸腔疾病、癌、新藥合成等醫藥研究領域成果卓著。據不完全統計，至今醫學部有數十名人員獲得日本科學院獎或其他方面的表彰與獎勵。藥學部矢島治明教授，1981年率先完成了含有128個氨基酸的核糖核酸酶合成全過程并得到結晶，因而獲日本科學院獎。佐佐木隆獲得日本第二屆文化勛章。利根川進因其卓越的研究成果而摘取諾貝爾生理學醫學獎的桂冠。另外，化學所在抗癌藥物的篩選，病毒所在癌的發生與遺傳方面的研究均處于一流水平。

　　在人文科學的研究方面，京都大學同樣十分重視具有自己的特色，在京大歷史上也出現了不少世界著名的優秀學者，有的還得到日本文化勛章，如日本哲學宗師西田幾多郎，法學的佐佐木恣。中國史的的貝冢茂樹，中國文學的吉川幸次郎等。文學部附屬文學博物館收藏有5萬年以前至現在的許多珍貴出土文物，其中不少是國寶。還有來自日本、高麗、中國、印度、中亞、埃及、歐洲和美洲等國的達20萬件古代展品。1987年對外開放，展品在日本和其他國家多次展出。文學部另一機構中亞研究所（羽田會館）藏有許多早年從我國沈陽帶過去的重要文物的攝影和一萬多種重要文獻資料，在國內外享有極高的聲譽，因而京都大學文學部成為外國留學生最為憧憬的留學之地。校屬人文科學研究所設有日本、東方、西洋三部，其中尤以東方研究部的中國研究最為著名，以中國的社會、政治、歷史、革命史、古典文學為重點，在唐詩、元曲、尚書正義、天工開物、漢書律歷志的研究上遠勝于日本其他大學，為世界大學中的佼佼者。所內藏有研究漢學的珍貴中國文獻 41萬冊，其中有些是連我國國內也難找到的。比如商甲骨文、漢籍拓本，以及日本從我國各地帶回來的像片、地圖、錄像帶、縮微影片等。考古研究中心發掘、調查、研究進而保護古城京都的歷史古跡起了重要作用。