波士頓大學不但擁有一流的師資、設備，也擁有健全的科系。全校共有十五個學院，包括兩百五十個以上不同的科系，為一完整的綜合大學。其中，大都會學院為波士頓大學的一大特色，專為社會人士提供在職進修的機會：

　　文理學院（College of Arts and Sciences）：人類學，考古學，藝術史，天文學，生物，化學，認知和神經系統（研究生項目），古典學，計算機科學，地球科學，經濟學，英語，地理，歷史，國際關系，數學，現代外語語言和文學，音樂，哲學，物理，政治科學，心理學，地域學，社會學；非洲研究，美國和新英格蘭研究，生物信息學，生物化學，環境科學，語言學和應用語言學，婦女研究。

　　大眾傳播學院（College of Communication）：廣告，廣播新聞，電影，大眾傳播，圖片新聞，公共關系，科學新聞，電視學。

　　教育學院（School of Education）：

　　本科專業：雙語教育，聾語教育，早期兒童教育，初級教育，英語教育，現代外語教育，歷史和社會科學教育，數學和歷史教育，科學教育等。

　　碩士專業：雙語教育，聾語教育，早期兒童教育，初級教育，英語教育，現代外語教育，歷史和社會科學教育，數學和歷史教育，科學教育，咨詢心理學，課程和教學，發展教育，人類發展和教育，文學和語言，傳媒和技術教育，英語和語言教育，健康教育，人力資源教育，國際教育發展，拉丁和古典人類，教學文學碩士，政策、計劃和管理，高等教育管理，社區代理教育管理，體育心理學，教授英語為第二語言（TESOL）等。

　　牙醫學院（Gold man School of Graduate Dentistry）：診斷學和病人服務，綜合牙科學，牙髓學，健康政策和健康服務研究，分子生物學，上頜骨外科，畸齒矯正學和牙齒整形術，小兒牙科，牙周病和生物學，復原科學/生物物質。

　　工程學院（College of Engineering）：

　　本科專業：航天工程，生物醫學工程，計算機系統工程，電子工程，制造業工程，機械工程。

　　碩士專業：航天工程，生物醫學工程，計算機系統工程，電子工程，制造業工程，機械工程，綜合工程，全球制造，光子學，生物信息學。

　　博士專業：系統工程，心理和醫學雙學位。

　　法學院（School of Law）：健康法，國際法，公司法，公共利益法，訴訟法。

　　藝術學院（College of Fine Arts）：戲劇，音樂，視覺藝術。

　　商學院（School of Management）：

　　本科專業：B.S. in Business Administration（工商管理）；

　　碩士專業：MS-MBA（技術兼管理雙學位），MBA（工商管理碩士），PEMBA（非全日制工商管理碩士），HCM（健康管理），PNP（公共與非盈利管理），IMP（國際管理課程），MSIM（投資管理）；

　　博士專業：DBA（工商管理博士）。

　　醫學院（School of Medicine）：四年醫學博士課程（MD），組合的醫學課程（8年/7年文學+醫學課程）

　　大都會學院繼續教育（Metropolitan College Continuing Education）。

　　公共衛生學院（School of Public Health）：生物統計學，環境衛生，流行病學，健康法、生物論理學和人權，衛生服務，國際衛生，女性和小孩健康，社會和行為科學。|

　　社會工作學院（School of Social Work）：人類在社會環境中的行為，社會工作，社工道德，公共健康。

　　文理學院（College of Arts and Sciences）：人類學，考古學，藝術史，天文學，生物，化學，認知和神經系統（研究生項目），古典學，計算機科學，地球科學，經濟學，英語，地理，歷史，國際關系，數學，現代外語語言和文學，音樂，哲學，物理，政治科學，心理學，地域學，社會學；非洲研究，美國和新英格蘭研究，生物 [FS:PAGE]信息學，生物化學，環境科學，語言學和應用語言學，婦女研究。

　　大眾傳播學院（College of Communication）：廣告，廣播新聞，電影，大眾傳播，圖片新聞，公共關系，科學新聞，電視學。